Talento precoce, Stefano Ballarini ha iniziato la sua carriera nelle giovanili della SNC a soli 7 anni. Il suo debutto in Serie A2 arriva a 15 anni, segno di un talento fuori dal comune.

Dopo un secondo posto nell'Under 17 B e la convocazione per il ritiro premondiale con la Nazionale Under 20, Stefano si afferma come uno dei giovani più promettenti del panorama italiano, esordendo in A1 con Roma Nuoto a 19 anni e contribuendo alla promozione in A1 con Olympic Roma.